院徽整体采用经典圆形形制，中心图形为盾牌造型，整体宣示“智圆行方”，寓意医院广博精深的医疗技术和方正不拘的医德风尚。院徽中间主体图案包括以下多层含义：上部取学校古老悠久的门坊造型，寓意医院传承学校人文理念，发扬医学人道精神，行仁心、施妙术、济苍生；下部为一副盾牌的变形，寓意呵护生命、消除病痛、守护健康。主体镂空处上方为“1977”字样，记载医院创建历史，展现医院发展历程；镂空处下方为单蛇缠杖标志，寓意医学的权威性和严肃性，激励山医药附院人为伟大医学事业而不懈追求。院徽采用深蓝色为标准色，象征纯洁、严谨、温和、生命、希望和健康。